時は戦国時代、天下統一を目前にした織田信長は、九州六国を治める大友宗麟の拠点・豊後国（現在の大分県）の南蛮貿易の高額な収益に疑問を抱き、斥候を送り調査する。未知の強力火薬「ムレイシ」と火縄を必要としない新型鉄砲の密かな大量生産、そして異国の力を借りて天下を揺るがそうとする宗麟の野望に気づく。
　主人公・碩田漣（おおきた れん）は、五年前に野党に襲われたところを信長に拾われた隠密部隊の少年である。彼は信長の命を受け、宣教師見習いの護衛という「仮面」を被り、故郷・豊後に潜入。任務は、ムレイシと鉄砲の製造場を突き止め、跡形もなく焼き払うことだった。
五年ぶりに踏む故郷の土。そこには南蛮貿易で活気づき、キリスト教の理想郷の様相を呈する賑やかな府内の街と、火薬・鉄砲製造を行う不気味な港・沖の浜（貿易拠点の離島）の姿が。漣は潜入任務の中で、再会した弟や父、そして謎めいた巫女・三重（みえ）らと出会う。更に慈悲深い医師アルメイダの医療や、信仰の為に危険を冒して海を渡った航海士らと話す中で、信長の「部品」として生きる自分に疑問を抱く。更に、大友宗麟が全国の七幡神社の伝書鳩ネットワークを通じて全国の情報を