気づけば異世界アルネアに転移していた元大学院生・天宮蒼。誰もが魔素を操り固有術式を使うこの世界で、彼は触れた物の過去を視る〈残滓読み〉に目覚める。その力を術式捜査局に見込まれ、完全な密室で起きた術式研究者・ベルダ博士の殺害事件に挑むことになる。「殺害が先、封鎖が後」という二重〈封域〉のトリックを論理で解き明かした蒼は、相棒の見習い捜査官セレナと共に、事件の背後にうごめく術式犯罪組織〈灰紋〉の影を追う。
連続する第二の密室殺人が示したのは、世界に七つ存在し痕跡を消す力を持つ「核石」の存在だった。蒼の特異な「型」こそ核石を扱える鍵であり、彼の転移自体が、五年前に灰紋に殺された研究者ライルの遺した術式によるものだと判明する。
そして辿り着いた真実――黒幕は灰紋首領ではなく、捜査機関の頂点に立つオード局長その人だった。蒼は仲間と力を合わせ、証拠を白日の下に晒してオードを打倒する。だが核石はまだ全て揃っておらず、戦いは次なる巻へと続く。