16歳の少年・湊（みなと）は、世界に自分の居場所がないと感じている。幼なじみの「ハル」を病気で亡くしてから、時間は音のない川のようにただ流れ、学校にも家にも自分の形が残らない。
ある晩、干上がった川原に長い影を引きずりながら、一両の古い列車がすべり降りてくる。車体の側面には「時刻なき鉄道」、行先表示は「眠り町」。車掌は灯りを胸に下げた寡黙な人物で、「切符は祈りの数だけ」とだけ告げる。

湊は列車に乗りこみ、ハルにもう一度だけ「さよなら」を言うための旅に出る。列車は“過去の駅”や“未練の停留所”に停まり、乗客はそれぞれの影と向き合って降りていく。
湊は自分の価値を探しながら、ハルの最後の言葉、言えなかった謝罪、救えなかった誰か――それらと和解していく。やがて旅は「眠り町」へ向けて最終区間に入るが、湊は誰かを救いたいというささやかな衝動に気づく。
終点で眠りにつくか、川原へ戻って朝の世界を選ぶか。列車は答えを持たない。けれど、祈りは切符の裏面に、すでに書かれている。旅路で、湊は孤独の外へと一歩を踏み出す。