本が世界のすべてを動かしている。
光も、火も、水も——あらゆるものが本の力で成り立つこの世界で、文倉トウジは辺境の村の司書として静かに暮らしていた。
だがトウジには夢があった。本を悪用する敵を倒し、危険な禁書を回収する専門家——禁書回収者になること。

訪れた試験で、トウジは試験官から問われる。
「最も大切な人間と、最も大切な書物。どちらかしか救えなかったら、どうする？」
答えられなかったトウジは不合格を告げられる。

しかしその夜、村が蝕書者の襲撃を受ける。狙いは、トウジの図書館に封印された禁書中の禁書——「黒の書」。
妹の命と、世界を滅ぼしうる書物。まさに試験で問われた究極の二択が、現実となって襲いかかる。

トウジはそこで───を選んだ。
その意志に応えるように、誰にも使えなかったはずの黒の書が、少年の手に収まる。

世界を滅ぼす本を手に、世界を救う旅が始まる。