古代人類の遺産である魔導機人（エテルギア）たちが支配する世界、エテルギア・レムナント。
動力源は魔素結晶（マナクリスタル）で、心臓部の「マナ炉」が世界の魔素を吸収し、半永久的に動ける。
しかし、魔素が枯渇した「死の荒野」では、エテルギアたちが急に動けなくなり「眠り病」に陥る。
そんな中、1000年ぶりに目覚めた主人公A：最終量産型メイドエテルギア「ルナ」が起動する。
彼女は遺跡ダンジョンの奥深くで眠っていたが、主人（人類）を待つプログラムが残り、「お帰りなさいませ、ご主人様」と独り言を呟く。
外見は人間そっくりの美少女型（正統派の典型）で、剣を振れば魔炎が迸り、銃撃で雷弾を放つ「魔法でしか動かないロボット」だ。
ルナは「これが科学だった時代があるなんて、ただの神話だわ」と信じて疑わない。
出会いと旅の始まり：獣人派とモンスターの絆
ルナが遺跡から出て街へ向かう途中、モンスターに襲われる。
モンスターの正体は古代人類の生態兵器「魔導獣（マギ・ビースト）」の末裔で、ドラゴンやケルベロス、ゴーレムが野生化し、子を産む生物として進化。
街の外は日常的に危険だが、ルナはマナ炉の力で戦う。