山の社の老神官に拾われた、忌み子で捨て子のアララギ。ひとり孤独に妖退治を続ける彼の唯一の心の拠り所が、社に祀られた香神木の神霊だった。 永い命の香神木と死に別れることを恐れるようになったアララギは、人でなくなる禁術に手を伸ばす。しかし禁術の果てに、アララギは香神木を失ってしまう。 悲嘆と絶望の中、命の危機に瀕したときのみ、香神木の加護に守られることに気づいたアララギは、失くしてしまった香神木の残り香を少しでも感じるべく、死闘を求め、さらなる妖との戦いに身を投じていく。 やがてアララギは、都を脅かす炎の大妖・絡繰灯龍の好敵手として名を馳せるようになるが、周囲の人々の好意にも嫉妬にも、まるで見向きもしなかった。そんなアララギのあり方は、都の権力者の掌中の珠にして、微笑みひとつで周囲を魅了していた、花のような姫君の運命も狂わせていく。 一方、社の桜に惹かれた娘フヨウは、アララギ不在の社の留守居役に収まるべく試行錯誤する。香神木が失われた日以降、社の桜は満開のままなのだった――。