世界は「物語」で構成され、万物は神が記した記述（インク）によって存在を維持している。しかし、そのインクが掠れ、世界が「空白（無）」へと還ろうとする終焉の時代。 【第一幕：崩壊する図書館都市】 空中図書館都市ビブリオテカの「記述士」であるエリアンは、世界の記憶を本に記す役割を担っていた。ある日、世界を食らう空白の化身モロスの侵攻により都市は崩壊。エリアンは、自動人形の司書リラ、盲目の予言者フィア、近衛騎士ガレスと共に、世界を書き換える力を持つ「原初のペン」を求めて、下層世界「エーテルの海」へと脱出する。 【第二幕：犠牲と代償の旅】 一行は、忘れられた伝承が沈殿する「校正の沼」を進む。道中、執拗に迫る空白の触手からエリアンを守るため、騎士ガレスが自らを犠牲にして殿（しんがり）を務め、文字の羅列へと分解されて消滅する。悲しみを抱えたまま、エリアンたちは逆さまにそびえ立つ「沈黙の塔」へ到達する。そこで待ち受けていたモロスは、残酷な真実を告げる。「原初のペン」を起動させるためのインクは、リラの記憶中枢そのものであり、彼女という存在を完全に消去しなければ世界は救えないというのだ。 【第三幕：最後の