世界は「物語」という実体で構成されており、空の太陽は修辞、大地は羊皮紙の重なりでできている 。しかし今、そのインクは掠れ、世界はあらゆる存在を否定する「空白（無）」へと還ろうとしていた 。 空中図書館都市「ビブリオテカ」に住む稀代の記述士エリアンは、賢人会議の命を受け、世界を書き換える力を持つ「原初のペン」を探す旅に出る 。同行するのは、盲目の予言者フィア、巨漢の騎士ガレス、そして自動人形の司書リラだ 。出発直後、都市は「空白」の化身であるモロスの襲撃により崩壊し、一行は書き損じられた歴史が沈殿する最下層「エーテルの海」へと逃げ延びる 。 目的地である「沈黙の塔」への道中、彼らは忘却された物語の亡霊たちに襲われる。ガレスは自らを犠牲にして文字の奔流を食い止め、エリアンに世界の未来を託して消滅した。塔の内部でエリアンを待ち受けていたモロスは、残酷な真実を告げる。リラの正体は「原初のペン」を収める鞘であり、ペンを起動させるインクは彼女の全記憶、すなわち彼女という存在そのものであるというのだ。 モロスは犠牲を払ってペンを取るか、共に「空白」になるかを選択させるが、エリアンは「犠牲の上に成り立