一橋龍は沖縄の高校生。

　夏休みに入ってアクアラングをつけて海に潜っていた時、誰かに襲われる。龍が逃げ込んだ先は海中洞窟になっていて、メサイヤという女性が現れた。不思議なことに体が２ミリに縮小している。

　メサイヤは１０光年彼方の或る惑星からやって来たと言う。３億年前、地球に住んでいたが、地球に棲めない環境になったので、１０光年彼方の母星に戻ったのだと。それから数百万年かかった今、人類が再び住めるように環境が改善したので、また母国星人の一部が地球に戻って来て、現在地球に住んでいる人たちに対して同化政策をとろうと画策している。

　龍はそれを阻止するために、生まれてきたのだと。テントウ虫の小型ロボットをメサイヤから与えられ、家に帰ってみると、家は火事になっていて、両親が行方不明になっていた。

　龍は行方不明になった両親の情報を得るたるめに東京へ行き、S９計画という、地球に雨を降らせる計画が進んでいるのを知る。父親がサイクロン発生装置の開発に成功したことで拉致され、龍も狙われたのだ。