高校生の茉莉(まつり)は17歳の夏、地元を離れて関東の北部にある安神沢市へやってきた。SNSで知り合った女子大生の花咲里(かざり)に誘われて連れて行ってもらった喫茶店で初めてコーヒーを飲んだ茉莉はその味に感動し、喫茶店のマスターの少女、有栖(ありす)とも親しくなる。有栖は「フリティラリアの柩」という新興宗教団体の村で生まれ育ったという。そして茉莉が街に来てから、失踪事件や変死事件が相次いで発生するようになる。教団が研究していた幻の花「リリィ・ブロッサム」の種子が飛散し、その花は強い欲望や願いを抱く人に寄生し願いを叶えるが、吐いた花に触れた人々を次々と狂気に感染させていく呪いの花であった。茉莉は喫茶店で働きながら、この街の様々な人と関わり、街に潜む闇や怪異にも触れていく―。