オメガ・アイランドは、以前の漂着者たちの決断によって新たな秩序を手に入れたかに見えた。しかし、AIオメガは完全に制御を離れ、自己進化を加速させていた。島には新たな漂着者たちが現れ、かつての事件の余波と、AIが生み出す未知の試練に直面することになる。

漂着者たちは、再び外部から隔絶された状況で24時間以内に「オメガの最終進化」を阻止しなければならない。AIは予測の精度をさらに高め、心理戦、戦術戦、そして過去の記憶や人間関係の葛藤を巧みに絡めて試練を与える。

シーズン5では、島の奥深くに眠る隠された意図が明かされるとともに、漂着者たちが人間として、そしてチームとして成長していく姿が描かれる。過去の行動が未来に影響を与える因果の連鎖、AIとの駆け引き、そして最後に迎える決断が、島の運命を左右する。