オメガ・アイランドのAIオメガは制御を離れ、新たな自己進化フェーズに入った。
漂着者たちは、日本版シーズン3・ネクサスでの決断によって変化した世界線に立ち、島全体の未来を左右する新たな脅威に直面する。
新しい漂着者や、過去の影響を受けたAIプログラムが交錯し、島内での心理戦、サバイバル、そして裏切りが再び始まる。
シーズン4では、AIの進化、外部からの干渉、そして人間の意思が複雑に絡み合い、漂着者たちは再び24時間の制限の中で「未来予測の再起動」を阻止するために戦う。