ある朝、女子高校生・あさひが目を覚ますと、世界からすべての人間が消えていた。静まり返った街、無人の学校。校庭には巨大な穴が開き、現実とは思えない異様な光景が広がっていた。

混乱しつつも教室へ向かったあさひは、ひとり勉強している眼鏡の秀才・りくと出会う。さらに、やがて現れた金髪ヤンキー・たけひこも加わり、三人はこの異常な世界の謎を追い始める。

ところが、車で移動しても同じ場所に戻ってしまい、世界が“閉じた箱”であることに気づく。やがて夜になると、化け物のような存在――“モンスター”たちが街に現れ、三人は命からがら逃げ延びる。

手がかりを求めて訪れた研究所で、白衣の男・博士と出会い、彼からこの世界が“パラレルワールド”であり、実験によって作られたシミュレーションであると知らされる。

真実を探る中、あさひたちは自分たちの“感情”がこの世界の構造に影響を及ぼしていることを知る。特にあさひは、自らの内面に生まれた“影の自分”――影あさひと向き合うことになる。

恐怖、不安、劣等感――そうした負の感情が具現化した影との精神的な戦いを乗り越え、三人はこの“箱庭”の出口に辿り着く。制御室でログ