中学三年生の斑鳩伽耶は、平凡な生活を送っていた。

――ただ一つ、自分以外の誰もが「人間」ではないという事実を除いて。

伽耶以外の人々は「ソナリス」と呼ばれる新人類だった。
彼らには目がなく、超音波によって世界を認識している。
一方で伽耶だけは、目を持つ本来の人間だった。
伽耶のいる世界は邪神によって変異した世界。
黒と橙に染まった空には巨大な目玉と無数の触手が広がり、大地には極彩色の花々が咲き乱れている。
そんな世界に生まれ落ち、孤独に生きてきた伽耶は、ある日、奇妙な屋敷へと辿り着く。
そこにあった巨大な書庫で、一冊の特別な本を手にしたことで、伽耶は時間を移動し、本や人々の記憶を覗き見て、歴史へ干渉する事のできる力を得る。
そして歴史の記憶を辿る中で、伽耶は世界を変貌へと追い込んだ真実の一端を目撃する。
なぜ世界は変わってしまったのか。
そもそも邪神という存在がなんなのか。
屋敷の主アガルタ、そして多くの仲間たちと共に、伽耶は失われた歴史と世界の謎を追い始める。
これは、世界の終わりを知った少女が、壊れてしまった世界の真実へ辿り着くまでの物語。