物語は、突如として世界を覆った謎の光から始まる。この光により、すべての人々がスキルを与えられ、その能力のランクはS〜Dに分かれた。Sランクの者は国を守る英雄と呼ばれ、Dランクの者は最底辺の存在として見なされる。スキルを持たない者はいない世界で、主人公の佐藤慎一（さとう しんいち）は、Dランクのスキルを持つ目立たない高校生だった。

慎一は、スキルに恵まれず、日々陰キャとして過ごしていた。Dランクのスキルは他人に比べて圧倒的に弱く、周囲にバレることなく目立たないように生活していた。
しかし、そんなある日、彼は神からの依頼を受けることとなる。

「時空転換（グラビティ・リバース）」――これは、慎一が神から与えられた天賦の能力。ブラックホールとホワイトホールを操り、空間を歪ませ、異なる時空を転換させる力。この力は、普通のスキルとは異なり、限られた者にしか使えないものだった。しかし、その力を手にした慎一は、まずその使い方を学ぶ必要があった。

神は慎一に告げる。
「お前には、暗黒聖殿（ダークネスオーダー）という邪悪な組織から世界を守る使命がある。お前の力がなければ、その宝具が目覚め、世界は破滅