生まれつき重度難聴の高校生・御影蓮斗は、ほとんど音のない世界で生きてきた。
　だがある日、都市全体で「三秒無音」と呼ばれる現象が発生し、蓮斗だけが“音の歪み”を視覚として認識してしまう。
　それは、都市に潜む「共鳴獣」と呼ばれる怪物たちの咆哮だった。

　蓮斗は、黒い煙の怪物・ソノと奇妙な共存関係を結ぶ。
　ソノは人間の“声や感情の音”を喰う存在で、蓮斗の聴覚に反応して力を増幅する。
　さらに、親友の冬矢や幼馴染の結衣にも「共鳴症候群」が現れ、次々と都市が狂い始める。

　駅、ライブハウス、学校。
　街のあらゆる場所で謎のノイズが増殖し、人々が倒れていく。
　やがて蓮斗は、父が追っていた“共鳴都市計画”の秘密を知る。
　都市全体を巨大なスピーカーに変え、人間の心音を一つの“曲”として支配する計画。
　その中心にいるのは、庁の科学者・九条。

　仲間を救うか、自分の耳を犠牲にするか。
　蓮斗は決断を迫られる。

　――これは、音を知らなかった少年が、
　　音を手に入れ、そして自ら失っても戦った物語。