Y終病と呼ばれるウイルスが男性の99.9%を絶滅させ、世界は崩壊した。金田エリアスは、謎の「再生計画」によって生き残った五人の男性の一人。冷凍睡眠から目覚めた彼は、自身のDNAが人類再生の鍵であることを知る。だが、そのためには、個性豊かで美しい女性たち—科学者のヴォス美羅、戦士のコヴァレンコ沙紗、策略家のハート莉良、暗殺者の中村影出、アイドルの田中怜、芸術家の青木優奈—と共に新たな命を生み出さなければならない。

終末の世界で、彼は他の生存者たち—暴君ドレイス勝利、隠者のレン哲夫、教祖ソル真瑠久、放浪者カルダー雀士、策士佐藤健二—と対峙しながら、愛と生存の間で葛藤する。女たちの欲望、裏切り、そして希望が交錯する中、金田は人類の未来を背負い、過酷な運命に立ち向かう。これは、最後の男とそのハーレムが織りなす、壮絶で刺激的な物語である。