かつて、空に浮かぶ都市エレシアはその強大な魔力で世界を繁栄させた。地上との交易を通じ、多くの町がエレシアの恩恵を受けていたが、その中でも主人公「蛍」の住む田舎町ルナーヴィルはエレシアの支配下にあった。しかし、500年前にエレシアは突如時間を止め、空中で静止したまま伝説の都市となり、誰も近づけなくなった。
　ルナーヴィルもかつての栄華を失い、今ではエレシアを信じる者はほとんどいない。しかし、18歳の少女蛍は幼い頃から祖母に聞かされたエレシアの物語に心を奪われ、その都市へ行くことを人生の目標にしていた。誰も信じなかった夢を追い求める蛍は、空に浮かぶ都市へと旅立つ。止まった時間の中に眠る答えと、世界の運命を左右する謎に立ち向かう冒険が、今、始まる。