サービス終了したオンラインゲーム「エターナルファンタジア（通称：エタファン）」に青春を捧げた神楽創（かぐら はじめ）。しかし、サービス終了と共に彼の心にはぽっかりと穴が空いてしまった。そんなある日、彼は路上で怪しげなVRMMO「境界侵蝕（きょうかいしんしょく）」のソフトを拾う。「誰かに差し上げます」という手書きのメッセージに惹かれ、久しぶりにゲームの世界へ足を踏み入れることに。

境界侵蝕は、職業、初期武器、スキル、ステータスを自由に選択できる、まさに理想のゲームだった。創は忍者を選び、スピードとパワーに特化したステータス、脚力増加、縮地、投擲、クナイ生成、固体操作といったスキルを選択。念じるだけでスキルが発動する斬新なシステムに夢中になる。

しかし、プレイを終えて現実に戻ると、驚愕の事態が。なんと、ゲームで手に入れたスキルが現実世界でも使えるようになっていたのだ！ 50kgのダンベルを軽々と持ち上げ、100mを9秒台で走る身体能力。念じればクナイが生成される。平凡な高校生だった創の日常は、VRMMOの力によって一変する。

スキルを隠しながら平穏な高校生活を送ろうとする創。しかし、