その世界は20柱の「機神」と呼ばれる神々によって統治されていた。
人々は機神から天恵(ギフト)を授かり、その恩恵に感謝をしながら暮らしていた。

神に仕える教会がもつ「赤の騎士団」への入団を目指していた主人公・ジークフリートの運命はしかし、幼馴染のニーナが強力すぎる天恵を授かってしまったことにより一変する……。

連行されたニーナを救出すべく、同じく幼馴染のユリアンと共に神域に向かい、機神の１柱を打ち滅ぼしてしまったジークフリートたち３人は教会から、ひいては世界中から追われる逃亡生活を始めることになる。

神域から逃れる際の騒乱の中で散り散りになってしまった３人は、それぞれの運命に立ち向かっていく。