人類の住まう文明を壊さんと、天が割れ殺戮兵器と言わんばかりの生物『ニゲラ』が降り注いでくる。
『ニゲラ』は人々を殺戮し、文明を破壊していく。
文明が0に返されることに因んで人々はこれを『零化』と呼んだ。

そんな世界を救う事を使命とし、世界を転々とする不思議な力を持った少女『セントヘレンズ』が降り立ったこの世界では『ニゲラ』と人類が対等、それ以上に渡り合っていた。
その人類の中心にいるのが、『ハチドリ』という名を持つ少人数で結成された特殊部隊であった。
『ハチドリ』は個性的な装備や機体を操り、日々襲い来る『ニゲラ』に立ち向かって行く。

そんな『ハチドリ』とセントヘレンズが出会い、全世界の運命の歯車が大きく動き始めることとなる。

『ハチドリ』のメンバーの過去、セントヘレンズの秘密、『零化』の真実、『ニゲラ』の正体。それらが徐々に明らかになって行く。

『ニゲラ』との戦いで生き残るのは人類か、それとも文明は滅びる運命にあるのか。
特殊な世界観での人類の存亡を掛けた戦いが、ここに始まる。