トラン・ミンは、平凡な日常に倦み、海に憧れていた現代の海洋工学徒。ある日突然、時空を裂く異次元の嵐に巻き込まれ、全てが一変する。気が付けば、そこは空に二つの太陽が輝き、巨大な**「海獣」が闊歩し、人々が「海魂（かいこん）」という名の魔力を操る世界「アゼオス」**だった。
アゼオスは、強大な世界政府と、自由を求めて大海原を駆け巡る海賊たちが覇権を争う、まさに大航海時代の只中にある。剣と魔力が支配するこの過酷な世界で、ミンは絶望的な事実に直面する。彼は、誰もが持つとされる海魂の力を持たなかった。
しかし、彼の唯一の武器は、元の世界で培った**「科学」と「論理」**という、この世界では存在しないはずの知識だった。
命の危機に瀕したミンを救ったのは、「嵐を呼ぶジーロ」と名乗る豪放な海賊だった。ジーロの愛船**『ブラッド・レイヴン』は、魔力と蒸気機関を融合させた「魔法蒸気機関」**を搭載していたが、修理不可能とされていた。だが、ミンの現代工学の知識は、その魔法の機関を完璧に蘇らせる。
ここに、異世界から来た**「科学者」と、「海魂」を操る海賊**という、異色のコンビが誕生する。
ミンは、この世界