深海6000メートルの海底に眠る“レアアース泥”が、日本の未来を救う鍵になる――そう信じる東大教授・嘉門は、予算凍結で研究存続の危機に追い込まれる。
新年度、迷子になった院生・優斗は、謎に美人で冷たいのに優しい先輩・かれんに導かれ、クセ強めの研究室メンバー（不愛想な天才・文哉、寡黙な留学生・チャオ、鉄くず屋育ちの技術者女子・いずみ）と出会う。
成果が出なければ終わる――そんな絶望の中、温泉での“たった1秒のひらめき”から、泥を空気の泡の力で持ち上げる逆転の採掘アイデア（エアリフト方式）が生まれ、研究室は再起動する。
しかしその裏で、商社マンの史郎が動き出す。これは研究ではなく「国家と利権を賭けた戦争」になる――不穏な影が差し込み始める。