世界を滅ぼさんとする強大な『魔障の王』との決戦。人類を守るために戦った三人の始祖の魔法使い――桜花剣聖、穢れ巫女ユカラ、白銀の魔女リンは、その命を散らして世界を救った。
　しかし、彼女たちを愛するパートナーであるオロチ、ビャクガ、アズマは、その死を受け入れられなかった。三人は禁忌の術を行使し、自らの命を削ることで彼女たちを『不完全な形』で現世に繋ぎ止める。しかし、再会の喜びも束の間、残酷な真実が突きつけられる。彼女たちの魂は崩壊を始めており、完全に蘇生させるには、他の『始祖の魔法使い』11人全員の魂を捧げ『神魔反魂』という禁忌の儀式を行わなければならない。
　それは、かつて共に戦った仲間や友を狩らなければならないことを意味していた。

「次に会う時は敵だ。かつての友とて容赦はしない」

　友情を捨て、愛する者を救うための修羅の道を選んだ三組。
　銀糸魔法を駆使し、心を殺して標的を追うリンとアズマ。
　罪悪感に苛まれながらも、強引に戦いへと引きずり込まれる桜花とオロチ。
　そして、冥府の女王として君臨し、狂気と執念に染まったユカラとビャクガ。
　各地で繰り広げられる『始祖狩り』の果てに