自然魔動力（ナチュラ・エナジー）と呼ばれる世界の生命（いのち）とも言える自然の力が世界を保っていた。
しかし、各地の自然魔動力（ナチュラ・エナジー）は近年乾枯が進行しており破滅の危機に陥っていた。
そんな中で人工大都市ネオ・トキオは年々発展しつつあり噂では莫大な自然魔動力（ナチュラ・エナジー）を駆使していると話があり自然魔動力（ナチュラ・エナジー）を守り世界保全を掲げるレジスタンスとの対立があった。
ネオ・トキオ内の1つネオ・フローラに暮らす少女カエデはある日川でペンダントを拾った。
実はそのペンダントこそ自然魔動力（ナチュラ・エナジー）の1つ“風”を司る魔聖獣ウインディーが封印され、目覚めさせた事でカエデはウインディーの魔剣士に選ばれてしまった。

　世界の破滅を防ぐ為、カエデはウインディーの魔剣士となり共に残りの自然魔動力（ナチュラ・エナジー）の源を捜す事になった。