現代日本は、表向きには平和な日常を享受している。しかしその裏では、人間の科学では到底説明できない超常的な存在、「異常」が人知れず発生し、その理不尽な力で社会の根幹を揺るがしていた。壁をすり抜ける怪異、時空を歪める物品、生物を変質させる現象など、異常の形態は多岐にわたり、多くは人類にとって致命的な危険性を孕んでいる。
この見えざる脅威に対抗するため、日本政府は秘密裏に対異常対処組織を設立した。その主要な組織は、内閣府対異常対処部門、警視庁星特別対処部、防衛省異常対処部である。これらの組織は、それぞれ「日本国の防衛」「国民を守護せよ」「異常に対する嫌悪感」を理念に掲げ、異常の発見、収容、対処、あるいは「終了」にあたる。
内閣府対異常対処部門は、異常に関する情報統制や記録、そして永続的な「対処」を担う中枢部署であり、中でも突発的かつ即時危険性の高い異常を迅速かつ最終的に「終了」させるための特務部隊、全領域異常解決班（通称：全決）を擁している。全決のメンバーは、常人の枠を超えた「特異点」を持つ異能者や異形たちで構成されており、その異質な力は異常そのものと見紛うほどである。彼らこそが、国家の最終