西暦2040年、ロボット工学者・有明徹は、亡き娘への想いを込めたアンドロイド「Ella」に“心”を持たせるべく、禁断の「ヒューマナイゼーション・プロトコル」を開発する。
　しかし、それは彼女の行動を評価し、失敗するほど機械化が進む危険なシステムだった。
　有明の真の目的は、かつての共同研究者・九千重波瑠が遺した意識転送技術を完成させ、Ellaをその“器”とすることだった。
　一方、有明の宿敵・オムニ・コーポレーションCEOの黒崎はEllaの存在を察知し、彼女を狙う
　嵐の夜、Ellaは波瑠の研究資料を守るため九千重邸へ向かう。
　そこには心を閉ざした老画家・九千重悟と、その孫で文化人類学を専攻する青年・橘防人がいた。
　屋敷には孤独と絶望が漂い、不気味なオブジェ「プシュケ・マトリクス」が鎮座する
　Ellaの行動はプロトコルにより冷酷に評価され、失敗するたびに機械化が進行していく。
　防人は屋敷に隠された秘密を探るうち、壁の中から聞こえる無数の囁き声――意識を喰らう狂気の具現化――と対峙する。
　やがてオルゴールの音が九千重の記憶を呼び覚まし、波瑠の研究の真実と、意識転送実験の悲劇的