東西が緊張状態にある架空世界――
名門校に通う少女アーニャは、かつて“家族”だった二人、スパイのロイドと殺し屋のヨルを同時に失った過去を抱えて生きている。

互いに任務として刃を向け合い、相打ちとなった両親。
その光景を目撃したアーニャは、人の心を読む力によって「なぜ二人が戦わされたのか」を知ってしまう。
国家、命令、利害、そして“世界そのもの”が人を殺し合わせる構造――。

それ以来、彼女の中で価値観は変わった。
守るべきは個人ではなく、「人を傷つけさせる世界そのもの」。

高校生となったアーニャは、表向きは普通の学生として友人のベッキーたちと穏やかな日常を過ごしながら、裏では人知れず“悪意”を排除していく。

人の心を読む能力に加え、スパイとしての潜入・変装技術、そして殺し屋の戦闘技術――それらを密かに身につけた彼女は、静かに、確実に、世界の歪みに手を伸ばし始める。

一方で、国家側の思惑を背負うダミアン・デズモンドは、“魔女”と呼ばれる存在を危険視し、その正体を追い始める。

正義と秩序、そして個人の意思が交錯する中、かつて同じ教室にいた二人は、やがて避けられない対立へと向かって