法改正がなされ、全国の中学生が人工的に「付喪神病」を発症、安定させることが義務となった日本で、その二期生である大江文也は自分の付喪神に期待を膨らませていた。何故なら彼の兄である隼十の付喪神は十字架のついた指輪、その能力は十字架が巨大化、剣になって身体能力も上昇するという強力で当時中学生だった文也にとっては憧れであったからだ。そんな彼の付喪神は兄と同じ剣――ではなくペン、万年筆であった。
落ち込む文也は何とか自身の付喪神で役に立とうとするも、とある火事をきっかけに文也は兄のような栄光を完全に諦めてしまう。そんな文也が、北九州文化芸術高等学校『付喪神科』の第一期生として入学したその日から。
――明後に学ぶべきこととなる我が国の史実は、大幅に加筆されることとなる――