東京-3の復興も進み、少しずつ日常が戻りつつあった。エヴァンゲリオンの戦いが終わり、世界は平和を取り戻したものの、それぞれの心に残る傷は深い。シンジ、アスカ、レイの三人も、新しい一歩を踏み出すために、再び普通の学生生活を送ることになった。
春の陽気が感じられる4月、三人は再び同じ高校の教室で顔を合わせる。普段通りの生活が始まることで、最初はぎこちない雰囲気が漂っていた。