心霊現象を専門に調査する俺たち《異常存在監視局（BAES）》は、ある夜、廃病院で不可解な「幽霊」に遭遇した。

その幽霊は暗闇に紛れて見えず、フラッシュを焚いた一瞬だけ姿を現した。しかし、調査を進めるうちに、それはただの幽霊ではなく、《Prodigy》と呼ばれる存在であることが判明する。

《Prodigy》——それは、世界各国の諜報機関が追い続けている謎の異常存在。DARPAの量子光学迷彩技術を超えた何かを持ち、通常の観測では捉えられない。
なぜ彼は俺たちの前に姿を現したのか？ 彼は何を伝えようとしていたのか？

そんな中、CIAのエージェントが俺たちの前に現れ、日本国内にもう一人の《Prodigy》がいる可能性を告げる。
新たな手がかりを追い、俺たちは都内の廃墟へと向かうが、そこで待っていたのは正体不明の武装部隊による襲撃だった——

消されたデータ、隠された真実、そして《Prodigy》からのメッセージ。
「この世界のルールは、君たちが知っているものとは違う。」

俺たちは知らなかった。
この調査が、世界規模の陰謀の入り口に過ぎないことを——