世界から「空気」が消え、万物が「音」で構成されるようになった時代。
　この空の下、沈黙は「死」であり、轟音は「生命」そのものだった。
　巨大な楽器を船体に冠した音響艦隊が空を焼き、人々の叫びが熱エネルギーとなる狂った戦場。
　その中心を、一艘の小さな小舟がゆく。
　乗っているのは、生まれつき耳の聴こえない少年――レゾ・デコード。
　音の洪水に晒されながらも眉ひとつ動かさない彼は、この世界で唯一、音を「聴く」のではなく、空間に刻まれた「波形（ソースコード）」を「視る」ことができた。
　数万の兵士が放つ死の合唱を、レゾは指先一つでデコード（解読）し、無害な静寂へと書き換えてしまう。
「……うるさいよ。そのノイズ（戦争）、僕が消してあげる」
　彼が目指すのは、敵国・シレンツィオの最奥に聳える『沈黙の塔』。
　そこには、歌えば周囲の生命を吸い取ってしまう呪い――フェルマータ（終止符）を宿すがゆえに幽閉された、孤独な王女・シエルがいた。
　耳の聴こえない調律師と、歌うことを禁じられた王女。
　二人の手が重なったとき、止まっていた彼女の時間（旋律）が動き出し、偽りの音に満ちた世界に「真実の色」が蘇