土木コンサルタントの高杉浩介が、日々の通勤電車から目にする荒川橋梁の奇妙な落書き。
　ありふれた都市の傷跡が、なぜか定期的にその姿を変えていることに、彼は気付いてしまう。
　誰が何を目的に、ただの落書きを書き換えているのか。

　謎に導かれるように荒川の堤防を訪れた浩介は、そこで川面をじっと見つめる巫女・水瀬愛理と出会う。彼女は何かを知っている。だが、その憂いを帯びた瞳と固く閉ざされた唇は、真相を語ろうとはしない。

　調査を進めるうち、浩介は荒川を挟んだ両岸の街が、古くから根深い対立を続けていることを知る。祀る水神の違い、過去の因縁…。しかし、その対立の裏には、何か別の巨大な意図が隠されているのではないか。

　変化する落書き、謎めいた巫女、そして二つの岸辺にまたがる、数百年続く壮大な秘密。やがて浩介は、現代の科学技術さえも無力化する、恐るべき危機がこの土地に迫っていることを知る。彼らが命を懸けて守ろうとしているものとは、一体何なのか。現代と江戸期を交錯させながら描く、感動と推理の物語。