【魔法少女絶望計画】は、超凄腕の参謀<プレイヤー>である"あなた"を操作して、魔法少女たちを仲間に加えて指揮を行い、異界からの侵略者である怪人や魔物が支配しつつあるエドガワ市を救うことを目的としたフリーシナリオ型RPGです。
運よく魔法少女と出会い、仲間に出来るかは<プレイヤー>の手腕と状況次第！
しかし<プレイヤー>が関与していない間も徐々に時間は進み、魔法少女と怪人たちは好きなように行動し、エドガワ市の支配も着実に進行していく。
『魔法少女』という限られた人材とリソースを上手に管理しながら、時には長年連れ添った魔法少女を使い潰し、時には怪人たちと手を組み、エドガワ市を救え！
※本作には軽度のリョナ、スカトロを含む超ひどい描写が含まれます