２１２５年。人類は脳チップにより完璧に管理された社会で暮らしていた。全市民は個室に隔離され、仮想現実で家族や職場を体験する。痛みも悲しみも存在しない理想世界——のはずだった。

記憶データ技術者の田中蓮（２５）は、ある朝、指先の微かな痺れを感じる。業務中に発見した古い家族映像は、仮想世界では再現不可能な「温かさ」に満ちていた。この違和感が引き金となり、蓮の生物学的脳で「覚醒」が始まる。

同じ症状を持つ少女・美咲（１６）との出会いにより、蓮は地下組織「覚醒者」ネットワークに導かれる。彼らは「感覚借用」という能力で他者の感覚を共有し、失われた人間性を取り戻していた。

しかし真実は想像を絶するものだった。統治ＡＩは三つの人格に分裂し、宇宙生命体との同盟は虚構。現在の管理システムは２８４７年の未来人類による歴史修正実験であり、現在の人類は実験サンプルに過ぎなかった。

弾圧が激化する中、美咲が捕らえられる。蓮は単独でシステム中枢に侵入し、境界空間で三勢力による最終決戦を展開する。しかし彼は力による解決を拒否し、対話を選ぶ。

激しい交渉の末、「意識協定」が成立する。全人類への真実開示と、Ａ