神守村（かもりむら）ー奥多摩の廃村。この村の湖には「水分主（みくまりぬし）」と呼ばれる水神・蛟蛇（こうだ）が住み、水分主は世を潤わせる神水を降らせると言う。
飢饉や天災、騒乱は蛟蛇が怒り狂っているとされ、天災騒乱が続いた際、これ以上の災難を避けるために、水分主に子供を捧げる人柱の儀式が行われていた。その水分主へ捧げる生贄を・御饌児と呼ばれていた。しかし、この儀式は天才避けとは別に、育てられない子供を処分する口減らしの手段でもあったと言う。
この人柱に使われていた湖を、子供を食らう湖「児喰湖」と呼ばれた。
年月は流れ現在、神守村の跡地に立つ高岡病院では児喰湖に沈んだ子供の霊が彷徨い、高岡病院やその近隣に住まう子供を道連れに攫うと言う。その児喰湖の都市伝説を追っていたジャーナリスト・稲垣聡が変死体で発見され、逃げ惑う監視カメラの映像には謎の和装の少女が写っていた。
同時期、高岡病院の医師・仁科琢馬が行方不明となり顧問弁護士の黒崎康平は私立探偵の榊原龍太郎が調査の依頼を引き受けた。調べて行くと、稲垣の部屋には児喰湖と高岡病院の関係性を書いたルポルタージュ、そして高岡病院の身辺で少年少女の行方