ルナ・コアを巡る巨悪の事件が収束し、公安の追跡班が解散した後、悠也は医療用ナノマシンの研究者として、アヤメは大学生として、平穏な日常に戻るはずだった。
しかし、アヤメの心には、まだ世界に残るナノマシンの闇と、背後で囁く邪悪な神々の使者、ニャルラトホテプの影が、影が付き纏っていた。
そして今、アヤメは自身の能力と公安で培った経験を活かし、青い蝶（ブルーバタフライ）探偵事務所を開設する。研究に没頭していた悠也は、命を共有する相棒に強引に巻き込まれる形で、再び裏の世界へと足を踏み入れることになる。