遺伝子の突然変異で『異能』と呼ばれる特殊な能力をもった人間が産まれらようになった。彼らは驚異的な身体能力や治癒能力を持っているが、寿命が短い。そんな『異能』を持った子供たちと組んで、魔獣を討伐する魔獣ハンターと呼ばれる職業のアヤト。

しかし彼には隠された過去があった。かつて国の命令で、制御不能な異能持ちを殺して回る「異能殺し」と呼ばれていた。
今は行き場のない異能持ちの子供たちを保護する施設〈あかね園〉を営みながら、償いのように今日も魔獣を討伐している。相棒は盲目の少女ハナ。彼女の念動力はアヤトの視界共有魔術があって初めて目覚める。

そんなある日、施設の子供が謎の組織に連れ去られた。追跡の果てにアヤトは自分の過去と向き合うことになる。