システムエンジニアとして激務に追われていたウエダ・ケンゴ（35歳）は、皮肉にも交通事故で命を落とす。目を覚ますと、そこは剣と魔法の異世界だった。
彼は転生を管理する高次生命体アイリスから、お詫びとしてチート能力を与えられる。ケンゴが選んだのは、最強の武力ではなく、「目の前にある全ての物事の非効率性（バグ）を見抜き、最適な解（デバッグ）を瞬時に導き出す」能力、すなわち**【最適化（オプティマイズ）】**だった。
貧しい孤児として異世界に転生したケンゴは、まず辺境の村の崩壊寸前の水路や生産システムを、そのSE思考と能力で次々と「最適化」し、村を救う。彼はこの世界を、非効率なコードとバグで満たされた巨大なシステムと認識する。
ケンゴは、風の精霊使いの少女アリア・ウィンドミアを「情報収集モジュール」として仲間に加え、より大きなバグを抱える王都アルカディアを目指す。道中、彼は純粋な武力の天才剣士ゼノス・ガルディナと出会い、その非効率な戦い方に辟易しながらも、知力で彼を導き、困難を乗り越える。
王都に辿り着いたケンゴは、貴族間の権力争い、国の経済システム、そして魔力法則そのものに潜む致命的な構造的