地上資源は、すべて尽きた。

人類最後の希望――それは、深海に眠る未知のエネルギー結晶【ハイドロ・コア】。

しかし、その採掘を阻むのは、あらゆる潜水艦を押し潰す超高水圧と、正体不明の巨大深海生物たち。人類は長年、深海開発に挑み続けるも、その計画は幾度となく失敗に終わっていた。

そこで日本・ドイツ・アメリカの三ヵ国は極秘共同計画を始動する。

人類の希望として開発されたのは、超高水圧に耐え、深海で活動できる少女型アンドロイド――潜水娘（ダイブ・ドール）

彼女たちは海底へ潜り、命懸けでハイドロ・コアを採掘し、人類の未来を繋いでいた。

そして、この物語の主人公は、戦場で銃を握る兵士でも、海底へ潜る潜水娘でもない。

潜水娘たちを修理し、整備し、戦術を立案し、出撃を指揮する特殊技能職

「整備士」。

戦う力はない。深海へ潜ることもできない。

それでも、彼の判断一つで潜水娘たちの生還率は大きく変わる。傷ついた機体を蘇らせ、沈黙した回路を再び動かし、仲間を深海から連れ帰ることこそ、彼の使命だった。

これは、人類最後の希望を背負う潜水娘たちと、彼女たちを支える一人の整備士が、深海へ挑む