千曳の岩戸事件によって、ついに黄泉の門は開かれた。
自衛隊は戦車1輌と3個小隊を投入し事態の収拾を試みたが、圧倒的な力を誇る黄泉軍の前に壊滅。日本の安全保障神話は、音を立てて崩れ去った。

死者と失踪者の事実は政府を揺るがし、内閣は総辞職へと追い込まれる。
その混乱の中で誕生した新内閣は、表には決して出せぬ異形の脅威に対処すべく、極秘部隊を創設する。

その名は――特殊異形事案対処特別実働部隊：Special Taskforce for Anomalous Incident Neutralization（STAIN）。
黄泉軍の再来に備え、人知れぬ最前線で戦うための“影の軍”が、ここに動き出した。