真夏の私立心海大学。
三代目部長を務める“僕”は、正体不明の怪異や都市伝説を調査する秘密組織――通称《ミステリーサークル》の拠点で、後輩の一条蓮華とだらけた日常を送っていた。

ミステリーサークルは、大学内では都市伝説そのものとして知られている。
構成員も活動内容も謎に包まれているが、唯一「依頼お待ちしております」とだけ記されたサイトを通じて、怪異にまつわる依頼を受け付けていた。

ある日、隣室に住む学生・九重台が持ち込んだ依頼は、巷で噂の怪異『桜花残響伝説』。
桜の花びらが舞うとき、死者の姿が現れ、笑いながら語りかけてくる――そして花びらが地に落ちる瞬間、血の涙を流しながら「こっちに来い」と告げるという、不気味な都市伝説だった。

軽い噂話と思われたその怪異は、九重自身が“つい十分前”に遭遇したばかりだと判明する。
さらに彼が毎日墓参りを続ける亡き弟の存在が、その現象に深く関わっている気配を見せ始める。

怪異か、幻覚か、それとも死者の呼び声か。
好奇心に飢えた奇人たちが集うミステリーサークルは、桜の残響に隠された真実を追い、ひと夏の怪異事件へと踏み込んでいく――。