西暦4710年。テラ帝国とノストラパディアの合同探査船アルゴナウタイは、第三の居住惑星を目指す航行の途中で、クルー全体に広がる食事量低下や悪夢、精神不安定といった異常事態に直面する。ノストラパディア出身の歴史分析官マルコフ・クリスは、地球人のジョージ・キサヌキ、精神感応能力を持つリン・ズーハン、学者サビーナらとともに、マスター直轄の内部調査室として原因究明にあたる。

調査の過程で、異常は単なるストレスではなく、外部からの強力な精神干渉であることが判明する。さらに船の進路上に突如として出現した正体不明のブラックホール、そして旧式地球軍戦闘機と空母アルテミスの出現により、事態は物理的危機へと発展する。クルーの精神は次々に崩壊し、暴走や昏倒が船内各所で発生する。

クリスは大統領級コードを用い、意識データの再インストールという極秘手段で混乱を食い止める一方、地球側・ノストラ側双方の指導層を個別に制圧・調整していく。その過程で、ジョージとズーハンの強い絆、サビーナの卓越した精神力が明らかになる。

やがてクリスは、自分自身が偶然選ばれた存在ではなく、過去の人類指導者の意識と遺伝子を受け継ぐ「