西暦4710年。地球を統べるテラ帝国と、火星から独立しアルファ・ケンタウリに建国されたノストラパディアは、長い星間戦争を経て停戦状態にあった。両国は第三の居住惑星を探すため、合同探査船アルゴナウタイを建造し、混成クルーによる恒星間航行に乗り出す。

主人公マルコフ・クリスは、ノストラパディア側の下士官であり、歴史分析を専門とする理知的な青年。テラ帝国軍のジョージ・キサヌキとともに、クルーの生活管理を担っていた。文化も価値観も異なる両陣営のクルーは、表面上は秩序を保っていたが、航行開始から約170日を境に、食事量の低下や睡眠時の意識波の乱れといった不可解な変調が現れ始める。

クリスは、船を統括する量子知能「マスター」――その疑似人格イヴ――に呼び出され、自身が両文明の溝を埋める役割として選ばれた存在であることを知らされる。やがて彼は精神調律・内部調査の任務に抜擢され、地球側のジョージや、精神感応能力を持つ地球人女性リン・ズーハン、ノストラ側のボディ調整官サビーナとともに、マスター直轄の内部調査室を結成する。

調査の中で、ズーハンはクルー全体に向けられた正体不明の強烈な「恐怖と孤独の意