海面の上昇により、地表の全てが海に沈もうとしている世界。
強者は安全な高地を占領し、地球上の資源を独占しながら自分達が生き残るための巨大な方舟を建造する一方、弱者は危険な低地で貢ぎ物を強要されながら貧しい暮らしを余儀なくされていた。
そんな中、低地で一人の少女が産まれる。
ノイという名のその少女は生まれつき首元にエラが備わっており、水中で呼吸ができる特異体質だった。
この海に囲まれた世界においてそれは誰もが羨む能力であり、ノイの存在を知った高地の王カインは、そんな彼女を利用するため力ずくで誘拐しようと試みる。
それに対して低地の民も黙ってはおらず、村長のメトシェラはレジスタンスを結成してノイの奪還と方舟の強奪を目指して立ち上がった。
エラのある少女と巨大な方舟を巡って、高地の軍団と、低地のレジスタンス、さらには第三勢力まで現れて争いはどんどん激化し、ついには地球の滅亡をも引き起こしかねないとんでもない事態へと発展してしまう。
自らを取り巻く環境に翻弄されながら、何が正義で何が悪なのかも分からず次第に追い詰められていくノイ。
純粋無垢な彼女は多くの人間と関わっていく中で、やがて自らの出生