内気なオタク高校生、小鳥遊 凪（たかなし なぎ）は、スマホにインストールした謎のアプリ「Sub-Link」が、登録した相手を絶対服従させられる本物の支配アプリだと知ってしまう。彼が出来心で登録してしまった相手は、クールで完璧な生徒会長、龍胆寺 美玲（りんどうじ みれい）だった。
罪悪感からアプリの秘密を打ち明けた凪だったが、そこで美玲が完璧な仮面の裏に、誰かに支配されることを渇望する「被支配願望（サブミッション）」を隠し持っていることを知る。歪んだ秘密を共有した二人は、倒錯した「主従ゲーム」を開始。日常の至る所で繰り返される過激な命令に、二人の関係はただの主従を超えた感情を育み始める。
しかし、そんな二人の歪な関係に、学園のプリンス・神宮寺 雅（じんぐうじ みやび）が気づいてしまう。美玲に歪んだ独占欲を抱く神宮寺は、凪からスマホを強奪。アプリの力を悪用し、凪の目の前で美玲の心と身体を蹂躙する、地獄のNTR計画を実行する…！
絶対的な力、卑劣な裏切り、そして引き裂かれる心。絶望の淵で、凪は美玲を救う真の「支配者」になれるのか。これは、倒錯から始まる、究極の愛の物語。