これは、愛と嘘と、そして真実の物語。

人造人間が世界を支配し、本物の人間はわずか数百体が試験管の中で保管される時代。人々は自分たちを「人間」だと信じて生きているが、全て人造人間である。真実を知る者はいない。偽りの記憶(メモリ)の中で生きている。
シノブ――最強の戦闘型人造人間。しかし、彼は自分が人造人間だとは知らない。銀髪の美しい青年は、人間を守るために生まれたと信じている。内向的で人見知りな彼にとって、唯一心を開ける存在は恋人のユキナだけだった。
ユキナ――清楚で優しい聖女型人造人間。黒髪の美少女は、シノブを深く愛し、彼の全てだった。しかし、実戦研修中に本物の聖女と出会い、この世界の残酷な真実を知ってしまう。人間はもう、ほとんどいない。自分も、シノブも、人造人間だ――。
その直後、ユキナは襲撃により命を落とす。しかし、彼女の記憶装置(メモリースティック)は本物の聖女によって救出される。ユキナの「魂」は、まだ存在している。
シノブは、ユキナの死を知らされない。「任務中」としか伝えられず、彼は彼女が帰ってくると信じて待ち続ける。しかし、ユキナは二度と帰ってこない。孤独の中で、シノブの心