幅津高校――そこは、部活動の代わりに“派閥”が支配する異様な学園。
能力を持つ生徒たちは派閥に忠誠を誓い、従わぬ者は“島流し”と呼ばれる監獄送りとなる。
そんな歪んだ伝統に、新入生の河越朝飛（かわごえ・あさひ）は巻き込まれる。最初は「ハーレムを作りたい」と軽い気持ちで入学した朝飛だったが、美人過ぎて孤立した美少女との出会いと、過酷な派閥争いの現実を目の当たりにし、次第に変わっていく。「派閥に支配されない。誰かを支配しない。この伝統を終わらせる」二人は、拉致・監禁・脱獄を経て“空き教室派閥”を結成。
美術室の癒し系姉妹、発明家美少女、情報室のハッカー集団、理科室の狂気科学者、家庭科室のメイドたち……次々と仲間が増え、運動場派閥、体育館派閥、放送室派閥、そして職員室の黒幕たちと激突。裏切り、覚醒、絆、そして幾重もの逆転劇。
能力バトルと青春が交錯する中、朝飛たちは問う――本当の自由とは何か。誰にも縛られない青春とは何か。支配の鎖を断ち切り、誰もが笑える学校を取り戻すため、空き教室派閥の戦いは、最後の職員室決戦へと突き進む。能力者たちの学園革命譚。熱血×絆×逆転の連続！　王道学園バトルストー