2075年。全国民がマインド・シンクチップを装着し、感情を管理される社会。17歳の柏木ユウトは、病気の母を支えながら貧しい生活を送る平凡な高校生——のはずだった。
しかし彼には、誰にも言えない秘密があった。他人の感情が「色」として見える異能力。怒りは燃える赤、悲しみは降り注ぐ青、愛情は温かいピンク——そして、その感情を操作することまでできてしまうのだ。
ある日、クラスの優等生・桜井美月がいじめられているのを目撃したユウトは、無意識に能力を発動。いじめっ子たちの攻撃性を一瞬で鎮めてしまう。美月は彼に興味を抱き、二人は急速に距離を縮めていく。
だが美月の正体は、政府のマインド・シンク監視局のエージェントだった。彼女の任務は、システムに従わない異常者を発見し、排除すること。それでも美月は、ユウトと過ごすうちに本当の恋に落ちていく。任務か、愛か——彼女は選択を迫られる。
やがて政府は「プロジェクト・ハーモニー」を発動。全国民の人格を統一し、完全に管理された社会を実現しようとする。ユウトの母親が人質に取られ、彼は絶体絶命の危機に陥る。
しかし、祖父の遺した地下研究所でユウトは真実を知る。彼の能力