希翠元年（翡翠三百年）。

突如出現した謎の生命体「ミクス」が、母星「翠球（すいきゅう）」を中心とした、人類の生存圏「翠域（すいいき）」を侵略。約800万人を乗せた巨大宇宙艦「パンゲア」は、翠域から遠く離れた「観測外領域」へと逃れる。パンゲア暫定政府は母星奪還の悲願を込めて「希翠（きすい）」に改号。

それから十数年後、技術の革新により一部の市民が超能力に目覚める。彼らの圧倒的な力により、希翠25年には、観測外領域の惑星ラウラでミクスを初撃破（後に「二・五戦」と呼ばれる）。ミクスによって同惑星に無理やり連れてこられ支配されていた人々を解放する。その後も、犠牲を払いつつ、観測外領域にてミクスの支配から人々を次々に解放していく。

しかし希翠九十五年、惑星トラゴーイの解放作戦にてミクスの異常個体が出現。戦姫・イヴァナ率いる部隊の決死の戦いによって撃破に成功するが、中央軍上層部の裏切りによりイヴァナは死亡。中央軍上層部は軍事クーデターを決行し、巨大宇宙艦パンゲアを2つに分離。宇宙艦「ゴンドワナ」を残してミクスの勢力圏を離脱する（後に「九・五事変」と呼ばれる）。

そして希翠百年、宇宙艦ゴンド